UCSF Chimera是一款免费的分子结构和相关数据的分析程序，此工具能够对分子密度图、轨迹和序列排序。软件中还内置了丰富的功能，可帮助用户更方便的进行数据的分析和模拟。软件功能强大，有着简洁的使用界面，支持生成图像和动画，使用起来简单方便。
软件功能
1、强大的轴、平面和质心功能，轴可以表示为圆柱体，平面表示为圆盘，质心表示为球体，这些都可以用于距离和角度测量。
2、体积数据:可以显示三维电子和光学显微镜数据、x射线密度图、静电势和其他体积数据。
3、b因子着色:可以对结构着色以显示属性值
4、筛选分子对接
5、通过保护着色
6、卷平面显示
7、旋转异构体
使用说明
1、通过点击或双击嵌合体图标(取决于它的位置)来启动嵌合体。通常，这个图标将出现在桌面上。Cimela可执行文件也可以从其安装位置运行。
2、将出现一个飞溅屏幕，在几秒钟内由包含图形显示或最近使用的文件的快速访问列表的主嵌合体窗口替换(这并不重要，因为打开一个结构将自动将显示器切换到图形窗口)。如果你喜欢，通过点击并拖动右下角来放大窗口。窗口也可以通过点击它的顶部栏和拖动来移动。
3、打开结构
4、现在打开一个结构。从菜单中选择文件ID ID获取，并将1ZIK作为结构的ID从PDB中取出。该结构将出现在图形窗口中，它是由两个肽形成的亮氨酸拉链。
5、默认的初始显示是色带。也显示原子：
6、这显示了结构中的所有原子和键，除了肽链中的那些被丝带显示抑制。下面讨论如何显示用于显示、着色等结构的特定部分。最初，杂原子(碳以外的原子)由元素组成：氧原子、氮原子、蓝色等。碳保持模型颜色，在这种情况下是棕褐色。
7、隐藏缎带，露出骨架原子，然后再次展示缎带
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