敌对水域的背景设定在未来的2032年，纳米技术得到了充分的发展和普及，发达的机械代替了人工，生产效率提高了很多倍，人们多出了很多空闲的时间可以做自己的事情，对于现在的人来说简直可以说是天堂般的生活。不过一些来自于旧时代的退休首脑们，为了自己的权力欲望，重新组建了有一个组织，意图通过军事行动重新取得领导权。一些热爱和平的科学家不愿意看到地球陷入了战乱，他们将一艘曾经辉煌过的巡洋舰重新从海底打捞出来，将其改装成威力强大的战舰。由于舰上的成员们已在过去的战斗中阵亡，爱好和平的科学人员制造了一种称为“灵魂捕手”的控制芯片，它们能够将过去阵亡的士兵的思想以及他们的战斗技能保存下来，然后插在战斗机、坦克的控制中枢上，使这些武器实现无人操作。
　　由于在与科学家的部队作战失利，参议会研制了一种高科技的纳米技术机器人，将生物和机械结合起来，使之拥有更强的战力。但在实验过程中，这些生物机器人拥有了自己的意识，更可怕的是它们开始排除人类，参议会控制不住，不得不与“安泰”巡洋舰由对抗改为合作，共同对抗日益强大的生化变异生物。